В начале XX века деревушка Подосинки стала дачным пригородом Москвы, где на землях коммерсанта Е.А. Скальского развернуто строительство более 400 дач. Посёлок получил название Наташино по имени любимой дочери купца и уже к началу 1911 года стал достаточно большим.
Возникла потребность и в постройке собственного храма, так как ближайшие приходы располагались на удалении от поселка и были в праздничные дни переполнены.
Жители создали церковную комиссию, возглавляемую почётным гражданином В.К. Пельтцер, и начили сбор средств. Из архивных документов известно, что 20 человек пожертвовали около 6000 рублей, купец Скальский выделил одну десятину своей земли, житель Миндовский - иконостас из церкви своего имения, а неизвестный благотворитель - набор колоколов. Архитектором выступил М. Ф. Бугровский, который проектирует храм в стиле «деревянный модерн», особо распространённый в провинции тех времен.
После прошения жителей, 18 мая 1912 года Московская Духовная Консистория дала благословение, а Комитет по строительству разрешение начать строительные работы. Больше года шла стройка, и в 1913 году храм был освящён митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Владимиром (Богоявленский) во имя Живоначальной Троицы.
Первым настоятелем стал диакон Александр (Сахаров), который проживал рядом с храмом и уже более 43 лет служил в московских приходах.
В 20 и 30-е годы Троицкая церковь в Наташино осталась практически единственным действующим храмом во всей округе.
Один из наиболее почитаемых старцев Русской православной церкви архимандрит Иоанн (Крестьянкин) в эти годы нес послушание алтарника в данном храме.
Не закрывалась церковь и в военные годы.
Новое становление она обрела при молодом, только что окончившим семинарию, священнике Иоанне (Прускалёв), прослужившем в этом приходе почти 25 лет. Именно этот настоятель расширил ее на запад, заново покрыл росписями. В 1969 году переложил полы, возвел ограду (ныне существующую), построил каменные хозяйственные сараи.
Помнит церковь и печальные годы. Так, в июне 1977 года во время грозы, от удара молнии вспыхнула центральная глава, и загорелся шатёр храма. Три недели потребовалось на ликвидацию последствий возгорания. Были восстановлены верх храма и притвор, новый купол украшен золотыми звёздами на синем фоне, стены внутри отштукатурены и украшены.
В 90-е годы протоиереем Владимиром (Гамарис) расширяется старый приходской дом и строится здание крестильни, производятся реставрационные работы.
С декабря 2003 года, при храме издается газета «Вестник Люберецкого благочиния» и действует церковно-приходская школа.
За долгую историю существования церковь Живоначальной Троицы в Наташино многое пережила, но никогда не прекращала свои службы.
